Fregatten Peder Skram ejes og drives af Fonden Peder Skram.
Fonden blev stiftet i 1995, efter en række personer siden 1990 havde arbejdet for at bevare fregatten. Fonden er en selvejende institution med en bestyrelse, der forestår Fondens overordnede, samt daglige drift, samt et repræsentantskab, der vælger bestyrelsen. Endvidere forestår Fonden formidling og vedligeholdelse af torpedomissilbåden Sehested og ubåden Sælen, der indtil den endelige beslutning om Nyholms fremtid, i.f.m. det seneste forsvarsforlig, er bragt på plads. Når dette er fastlagt og skibene kan forblive på Nyholm, overtager Fonden Peder Skram ejerskabet fra Nationalmuseet.
Fonden er hverken statsstøttet eller modtager faste årlige beløb fra det offentlige. Fondens eneste faste indtægt er billetindtægterne fra åbningsperioderne. Da dette ikke dækker alle udgifterne til istandsættelse og vedligeholdelse, er fonden afhængig af bidrag fra fonde, foreninger og virksomheder. Bl.a. har H.M. dronningen og HKH prinsens Fond 4 gange støttet Fondens arbejde. Fonden Peder Skram er taknemmelig for enhver form for støtte og har fortsat behov for økonomiske midler til arbejdet med at udvikle “Skibene på Holmen” som et levende museum.
Såvel bestyrelse, som Venneforeningernes medlemmer udfører alt arbejde vederlagsfrit. Fonden har kun to personer ansat på deltid. Derudover er der ikke ansat lønnet personale.
Fondens bestyrelse:
Admiral Tim Sloth Jørgensen (formand)
Adm. direktør Henrik N. Andersen (formand for repræsentantskabet)
Orlogshistoriker Hans Chr. Bjerg
Adm. direktør, brigadegeneral Christian Herskind
Kontreadmiral Lars Kragelund
Kontreadmiral Niels Mejdal
Søværnets historiske konsulent Søren Nørby p.hd.
Statsaut. revisor Ejvind Pedersen
Arkitekt Simon Vinzent
Fondens repræsentantskab:
Repræsentantskabets opgave er at rådgive bestyrelsen og i samarbejde med denne at virke til fremme af Fondens formål og virksomhed. Følgende er medlem:
Adm. direktør Henrik N. Andersen, Formand for repræsentantskabet
Direktør Søren Kaare-Andersen, Bikubenfonden
Direktør Søren Fischer, Randers Tandhjulsfabrik
Næstformand, Molslinien, Søren Jespersen
Forbundsformand Claus Jensen, Dansk Metal
Overborgmester Frank Jensen, Københavns Kommune
Bankdirektør Niels Bang-Hansen, Danske Bank
Direktør Jens Kramer Mikkelsen, Nordic Real Estate Partners
Revisor Flemming Heden Knudsen, Bonnesen Advokater
Kontreadmiral Nils Wang, direktør/Naval Team Denmark
Museumsdirektør Ulla Tofte, Museet for Søfart
Direktør Kaare Vagner
Kontreadmiral Frank Trojahn, Værnsfælles Forsvarskommando
Arkitekt Torsten Thorup, Torsten Thorup Arkitekter
Kommandørkaptajn Steen Engstrøm, Danmarks Marineforening
General Peter Bartram, fhv. Forsvarschef
Fhv. Hofmarskal, generalmajor Søren Haslund-Christensen
Udviklingschef Anne Mette Rahbæk, Realdania By & Byg
Direktør Jens Chr. Steglich-Petersen
Fhv. museumsdirektør Ole L. Frantzen
Direktør Thomas Duer
Direktør Ole Beckmann Skourup,
Direktør Jens Christian Lorenzen,
Direktør Jens Peter Toft,
Direktør Mogens Munk Rasmussen
Kontreadmiral Kristen Winther
Direktør Leif Juul Jørgensen
Direktør Jens N. Christiansen
Direktør Henning Hummelmose
Kontreadmiral Kurt Birger Jensen
Hr. Frank Bogaerdt
Seniorsergent Lars Ove Nielsen, Formand Peder Skrams Venner